參考清華大學(xué)盧元教授的文章

《無細(xì)胞體系非天然蛋白質(zhì)合成研究進(jìn)展》

為什么用cell-free系統(tǒng)（CFUPS）

非天然氨基酸表達(dá)難點(diǎn)：

（1）目標(biāo)蛋白合成途徑非細(xì)胞內(nèi)主反應(yīng)，導(dǎo)致產(chǎn)物產(chǎn)量較低，純化步驟繁瑣；

（2）某些UNAAs不易穿過細(xì)胞膜屏障進(jìn)入細(xì)胞，從而降低了細(xì)胞對UNAAs的利用率，限制UNAAs嵌入效率；

（3）非天然氨基酸的細(xì)胞毒性；

這些導(dǎo)致體內(nèi)UNAAs的嵌入效率較低，特別是在多位點(diǎn)UNAAs嵌入時尤為明顯。

無細(xì)胞蛋白合成系統(tǒng)（Cell-free protein synthesis, CFS）是一種在沒有活細(xì)胞的情況下，利用細(xì)胞提取物進(jìn)行蛋白質(zhì)合成的技術(shù)。這種技術(shù)允許科學(xué)家在體外環(huán)境中合成蛋白質(zhì)，而無需依賴細(xì)胞的內(nèi)部機(jī)制。隨著技術(shù)的發(fā)展，無細(xì)胞非天然蛋白質(zhì)合成系統(tǒng)（CFUPS）進(jìn)一步擴(kuò)展了這一概念，允許合成含有非天然氨基酸（UNAAs）的蛋白質(zhì)。

在CFUPS中，使用外源DNA或mRNA作為模板，這些模板編碼的蛋白質(zhì)序列包含非天然氨基酸。然后，將底物、能量物質(zhì)、輔因子和非天然組分添加到反應(yīng)體系中。這些非天然組分包括正交氨酰tRNA合成酶/正交tRNA（o-aaRS/o-tRNA）對，它們是專門設(shè)計的酶和tRNA，能夠識別并結(jié)合非天然氨基酸。在細(xì)胞提取物提供的多種酶的作用下，這些非天然氨基酸被整合到蛋白質(zhì)鏈中，從而合成出含有非天然氨基酸的蛋白質(zhì)。

CFUPS與細(xì)胞非天然蛋白質(zhì)合成相比具有諸多的優(yōu)點(diǎn)

2. 怎么做：無細(xì)胞體系UNAAs嵌入的方法

    在無細(xì)胞非天然蛋白質(zhì)合成系統(tǒng)（CFUPS）中，嵌入非天然氨基酸（UNAAs）的方法是實(shí)現(xiàn)非天然蛋白質(zhì)合成的關(guān)鍵。以下是一些主要的嵌入方法，它們在CFUPS中被廣泛使用：

（1）全局抑制：這種方法通過使用突變的釋放因子（release factors）或tRNAs來抑制正常的終止密碼子，使得翻譯過程在遇到終止密碼子時不會停止，而是繼續(xù)添加非天然氨基酸。

（2）終止密碼子抑制：這種方法利用特定的突變釋放因子，它們能夠識別終止密碼子，但不會終止翻譯過程，而是允許非天然氨基酸的插入。

（3）移碼抑制：這種方法通過改變mRNA的讀取框架來實(shí)現(xiàn)非天然氨基酸的嵌入。通過特定的策略，如使用特定的tRNAs或突變的tRNAs，可以在特定的位置插入非天然氨基酸，而不影響蛋白質(zhì)的其余部分。

（4）有義密碼子再分配：這種方法涉及將一個原本編碼天然氨基酸的密碼子重新分配給非天然氨基酸。這通常通過使用突變的tRNAs來實(shí)現(xiàn)，這些tRNAs能夠識別特定的有義密碼子，并將非天然氨基酸添加到蛋白質(zhì)鏈中。

（5）非天然堿基對：這種方法通過擴(kuò)展遺傳密碼來實(shí)現(xiàn)非天然氨基酸的嵌入。通過引入新的堿基對，可以編碼更多的氨基酸，包括非天然氨基酸。這通常涉及到使用經(jīng)過工程改造的聚合酶和tRNAs。

    這些方法的發(fā)展和應(yīng)用，使得科學(xué)家能夠在蛋白質(zhì)合成過程中精確地控制非天然氨基酸的位置，從而為蛋白質(zhì)工程和藥物設(shè)計提供了新的工具。

3. 非天然氨基酸蛋白有什么用？

無細(xì)胞蛋白合成系統(tǒng)（CFUPS）在合成具有特定功能的非天然蛋白質(zhì)方面取得了顯著進(jìn)展，并在多個領(lǐng)域展現(xiàn)出其重要性和應(yīng)用潛力。以下是一些主要的應(yīng)用領(lǐng)域：

（1）蛋白藥物合成：CFUPS可以用于合成具有治療潛力的蛋白質(zhì)藥物，包括抗體、酶和激素等。通過在蛋白質(zhì)中嵌入非天然氨基酸，可以提高藥物的穩(wěn)定性、延長半衰期或增強(qiáng)其生物活性。

（2）病毒樣顆粒（Virus-like particles, VLPs）：VLPs是模仿病毒結(jié)構(gòu)的納米級顆粒，但不含病毒遺傳物質(zhì)，因此不具有傳染性。CFUPS可以用于合成VLPs，這些顆粒在疫苗開發(fā)和藥物遞送系統(tǒng)中具有應(yīng)用潛力。

（3）膜蛋白合成：膜蛋白在細(xì)胞信號傳導(dǎo)、物質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)和能量轉(zhuǎn)換等過程中發(fā)揮關(guān)鍵作用。CFUPS可以用于合成具有特定功能的膜蛋白，這有助于研究其結(jié)構(gòu)和功能，以及開發(fā)針對這些蛋白的藥物。

（4）蛋白質(zhì)材料：CFUPS可以用于合成具有特定物理或化學(xué)性質(zhì)的蛋白質(zhì)材料，這些材料可以用于組織工程、生物傳感器或納米技術(shù)等領(lǐng)域。

（5）蛋白質(zhì)間相互作用研究：CFUPS提供了一種工具，用于研究蛋白質(zhì)之間的相互作用，這對于理解細(xì)胞內(nèi)信號傳導(dǎo)途徑和開發(fā)新的干預(yù)策略至關(guān)重要。

（6）開發(fā)新型蛋白材料：通過CFUPS合成的非天然蛋白質(zhì)可以被設(shè)計成具有特定的結(jié)構(gòu)和功能，用于開發(fā)新型的生物材料，這些材料可能具有的機(jī)械性能或生物相容性。

4. 后續(xù)開發(fā)方向

將來無細(xì)胞非天然蛋白質(zhì)合成系統(tǒng)需要朝著4個方面發(fā)展，分別是：1)開發(fā)更有效的OTSs，提高非天然氨基酸的嵌入效率；2)實(shí)現(xiàn)在目標(biāo)蛋白的多個位點(diǎn)嵌入多種UNAAs，擴(kuò)大非天然蛋白質(zhì)的種類；3)解決UNAAs多樣性帶來的生物不相容性，使非天然蛋白質(zhì)的產(chǎn)量得到大幅度的上升；4)進(jìn)一步降低非天然蛋白質(zhì)合成的成本，使其能夠帶來可觀的經(jīng)濟(jì)效益，促進(jìn)工業(yè)化應(yīng)用。最大限度去開發(fā)無細(xì)胞非天然蛋白質(zhì)合成平臺的潛力，使其能夠更好地應(yīng)用于科學(xué)基礎(chǔ)研究及工業(yè)生產(chǎn)研究。

挑戰(zhàn)（Challenges）

• UNAA嵌入位點(diǎn)的選擇：選擇合適的非天然氨基酸（UNAA）嵌入位點(diǎn)。

• 多位點(diǎn)UNAA嵌入：實(shí)現(xiàn)在蛋白質(zhì)中多個位點(diǎn)嵌入UNAAs。

• 與內(nèi)源元素的交叉反應(yīng)：避免與細(xì)胞內(nèi)源性成分的反應(yīng)。

• UNAA嵌入效率低：提高UNAA嵌入的效率。

• 困難的核糖體工程：改進(jìn)核糖體工程以適應(yīng)非天然氨基酸的合成。

• 缺乏可擴(kuò)展的系統(tǒng)：開發(fā)可大規(guī)模應(yīng)用的CFUPS系統(tǒng)。

• 高成本：降低CFUPS系統(tǒng)的經(jīng)濟(jì)成本。

• 耗費(fèi)時間和勞動力：減少制備、純化和分析過程中的時間和勞動力消耗。

潛在改進(jìn)（Potential improvements）

• 開發(fā)非天然蛋白質(zhì)的蛋白質(zhì)折疊預(yù)測算法：幫助預(yù)測UNAAs嵌入后蛋白質(zhì)的折疊狀態(tài)。

• 開發(fā)無需純化的高通量篩選方法：簡化篩選過程，提高效率。

• 篩選更多正交翻譯對：增加可用于UNAA嵌入的正交氨酰tRNA合成酶/正交tRNA對。

• 加速開發(fā)移碼抑制、有義密碼子再分配和非天然堿基對方法：推動這些嵌入技術(shù)的發(fā)展。

• 進(jìn)化正交翻譯對：通過進(jìn)化生物學(xué)方法改進(jìn)正交翻譯對的性能。

• 工程化底盤生物：通過基因工程改造底盤生物以適應(yīng)CFUPS系統(tǒng)。

• 優(yōu)化CFUPS系統(tǒng)的成分組成：調(diào)整反應(yīng)體系以提高UNAA嵌入效率。

• 發(fā)展體外核糖體進(jìn)化平臺：用于改進(jìn)核糖體以適應(yīng)非天然氨基酸的合成。

• 模仿標(biāo)準(zhǔn)生物反應(yīng)器配置：在大規(guī)模生產(chǎn)中應(yīng)用CFUPS系統(tǒng)。

• 簡化產(chǎn)品分析方法：減少分析過程中的復(fù)雜性。

• 自行合成試劑：包括UNAAs、tRNAs等，以降低成本。

• 優(yōu)化能量供給系統(tǒng)：改進(jìn)CFUPS系統(tǒng)中的能量供應(yīng)。

• 優(yōu)化細(xì)胞提取物、表達(dá)模板和OTS組分的制備：提高制備過程的效率和成本效益。

• 簡化制備過程：減少制備過程中的時間和勞動力消耗。

• 簡化純化和分析過程：提高純化和分析的效率。